元朝仍继续保留着宋朝遗留下的一些御茶园和官焙（制茶工场），元大德三年（公元1299年），计有茶园120处，在武夷设焙局（制茶工场）于四曲溪，称御茶园，焙工数以千计，大造贡茶。据董天工《武夷山志》载，元顺帝至正末年（公元1367年），贡茶额达990斤，明初仍之，至明世宗嘉靖三十六年（公元1557年），建宁太守钱黼因本山茶枯，御茶改贡延平（福建南平）。

  明朝御茶生产，茶农负担甚重，除完成摊派的贡额之外，每年还要分担喊山供祭费。清·释超全《武夷茶歌》载：“景泰年间（公元1450～1456年）茶久荒，喊山岁犹供祭费，输官茶购自他山。”当时建宁每年惊蛰日，官吏致祭御茶园边的通仙井，祈求井水满而清，用以制贡茶，祭毕鸣金击鼓，台上扬声同喊曰：“茶发芽”！称喊山。

   至明朝时，蒸青团饼茶渐渐减少，随着炒青芽茶的出现，开始改贡芽茶（即散茶）。据《明大政纪》记述，明太祖朱元璋于“洪武二十四年（公元1391年）九月，诏建宁岁贡上供茶，罢造龙团，听茶户推采芽茶以进，有司勿与。天下茶额惟建宁为上，其品有四：深春、光春、次春、紫笋，置茶户五百，免其摇设。上闻有司遣人督迫纳贿，故有是命。”因此正式改贡芽茶是自明朝始，芽茶品质优于团饼茶，官吏们趁督造贡茶之机，贪污纳贿，无恶不作。

   《明食货志》载：“明太祖时（公元1368～1398年），建宁贡茶一千六百余斤，到朱载垕隆庆（公元1567～1572年）初，增到二千三百斤。”明朝其他各地贡茶额也都比宋朝增加。其增加的数额中，相当一部分是督造官吏层层加码之故。明孝宗弘治年间（公元1488～1505年），进士曹琥《请革贡茶奏疏》，曾揭露了这种贡茶苛政，《疏文》说：“臣查得本府（广信府）额贡芽茶，岁不过二十斤。迩年以来，额贡之外有宁王府之，有镇守太监之贡。是二贡者，有芽茶之征，有细茶之征。始于方春，迄于初夏，官校临门，急如星火。农夫蚕妇，各失其业，奔走山谷，以应珠求者，相对泣。因怨而怒，殆有不可胜言者。如镇守太监之贡，岁办干有余斤，不知实贡朝廷者几何？”奏疏中接着陈述了贡茶的五大害处：其一，采制贡茶正当春耕季节，农民男废耕，女废织，全年衣食无着；其二，早春二麦未熟，农民饿着肚子采茶制茶，困苦不堪；其三，官府收茶百般挑剔，十不中一，茶农只好忍受高价盘剥，向富户购买好茶，以充定额；其四，无法交够定额，只得买贿官校，以求幸免；其五，官校乘机买卖贡茶，敲诈勒索，整得农民倾家荡产。